Спустя шестнадцать лет после победы над людьми Джейк Салли возглавляет клан Оматикайя, воспитывая вместе с Нейтири четверых детей: сыновей Нетеяма и Ло’ака, дочь Тук и приемную дочь Кири. Вместе с ними растет Паук - сын погибшего полковника Кваритча, который, несмотря на человеческое происхождение, считает себя частью мира На’ви. Спокойствие заканчивается, когда RDA возвращается на Пандору для полной колонизации. В авангарде захватчиков стоят «Рекомбинанты» - аватары с имплантированной памятью элитных солдат, которыми вновь руководит Кваритч.
Джейк разворачивает партизанскую войну, но после того как Кваритч берет в плен детей, Салли понимает, что его присутствие ставит лесной клан под удар. Семья принимает тяжелое решение: они покидают Оматикайя и ищут убежище у восточного океанского клана Меткайна. Там героям приходится осваивать совершенно иной образ жизни, учась взаимодействовать с водой и морскими существами. Кири обнаруживает в себе необычайную духовную связь с океаном, а Ло’ак заводит дружбу с Паяканом - изгнанным тулкуном, разумным китообразным существом, которого клан считает изгоем из-за его воинственного прошлого.
Тем временем Кваритч, используя захваченного Паука в качестве проводника, выслеживает семью Салли. Он объединяется с китобоями и начинает разорять деревни архипелага, убивая священных для На’ви тулкунов, чтобы выманить Джейка. Когда Ло’ак и другие дети пытаются защитить Паякана, они оказываются в ловушке на корабле RDA.
Финальное противостояние перерастает в масштабную битву. Паякан атакует судно, ломая строй охотников, а клан Меткайна вступает в открытый бой. В ходе сражения погибает старший сын Джейка - Нетеям. Потеряв первенца, Джейк и Нейтири в ярости атакуют тонущий корабль, чтобы вырвать оставшихся детей из рук Кваритча. В решающей дуэли на палубе уходящего под воду судна Джейк одолевает полковника. Паук спасает тонущего Кваритча, движимый инстинктивным состраданием, но отвергает его и возвращается к семье Салли.
После похорон Нетеяма вождь Меткайна признает Джейка и его близких частью своего народа. Семья находит новый дом в океане, осознавая, что они больше не могут бежать от войны и должны защищать Пандору, где бы они ни находились.
